Den røde frugt fra Coffea canephora (robusta) eller Coffea arabica (arabica) indeholder to frø – de grønne kaffebønner. Efter høst fjernes frugtkødet, bønnerne tørres og ristes for at få den karakteristiske kaffesmag frem. Ristningsprocessen er af helt afgørende betydning for kvaliteten. Kemiske analyser har vist, at omkring 1.000 aromastoffer ender i vandfasen, men efterlader anslået lige så mange i kaffegrumset. Under ristningen giver Maillard-produkter den mørkebrunesorte farve til kaffebønnen. Myriader af andre indholdsstoffer omdannes også kemisk ved de høje temperaturer under ristningen. Kemien af kaffe er derfor langt mere kompliceret, end kemien af bønnen lader ane.
Foruden det bitre koffein indeholder bønnerne chlorogensyre og quinasyre. De giver maveproblemer hos en del kaffedrikkere. Der er nu udviklet kaffe, hvor ristningen er udført på en særlig nænsom måde. Det nedsætter syreindholdet til et niveau, der er acceptabelt for de fleste. Arabica, der udgør 90% af markedet, indeholder 1-1,5 %, mens den mindre værdsatte Robusta indeholder 2-2,5 % koffein. I over 100 år har koffeinfri kaffe været tilgængelig.